研究所是游戏剧情推进的重要地点，玩家需要多次前往研究所获取关键道具和任务指引。研究所的位置分布在游戏的不同阶段，主要包括大木博士的研究所、红莲岛的研究所以及其他隐藏的研究设施。
大木博士的研究所位于真新镇，这是玩家开始冒险的地方。游戏一开始，玩家需要从家出发，前往上方的草丛，大木博士会出现并将玩家带到研究所。研究所内有三只初始宝可梦供玩家选择，分别是妙蛙种子、小火龙和杰尼龟。选择宝可梦后，玩家会与劲敌小茂进行首次对战。玩家需要前往常磐市的商店取回包裹，再返回研究所交给大木博士，从而获得宝可梦图鉴。
红莲岛的研究所是另一个重要地点，位于红莲镇。玩家在获得红莲徽章后可以进入该研究所，这里主要涉及化石复活和宝可梦交换等任务。研究所内有一名科学家可以帮助玩家复活在月见山或别处获得的化石，将其转化为可用的宝可梦。研究所内还有一些NPC提供宝可梦交换服务，比如用蚊香蛙交换迷唇姐。红莲岛的研究所也是获取特殊道具和技术机器的关键地点之一。
除了上述两个主要研究所，游戏中还有一些隐藏的研究设施，比如位于无人发电厂附近的废弃研究所。这些地点通常需要玩家完成特定剧情或使用特殊技能（如冲浪、碎岩）才能进入。废弃研究所内通常会有野生宝可梦出没，同时也能找到一些稀有道具或技术机器。玩家在探索时需要注意这些设施的入口可能被障碍物遮挡，需要仔细搜索。
研究所的布局和功能在不同阶段有所区别，但它们的共同点是提供剧情推进的关键节点。玩家在游戏过程中应定期返回研究所，尤其是大木博士的研究所，以获取新的任务或道具。某些研究所的NPC会提供额外的提示或奖励，比如宝可梦进化相关的信息或特殊技能教学。
