神兽作为稀有且强大的存在，分布在地图各处特定位置。火焰鸟作为火属性神兽，固定刷新在火焰山山顶，玩家需携带水属性宝可梦应对其高攻击力。急冻鸟位于双子岛深处，需用岩石阻挡瀑布急流后进入隐藏山洞，其冰系技能具备强力控制效果。闪电鸟则栖息于无人发电厂最深处，电系招式具有高速高攻特性，建议使用地面系宝可梦克制。
超梦作为人造神兽隐藏于华蓝洞窟最底层，需通关主线剧情后前往，其超能力属性对战中需依赖恶系技能压制。古拉顿出现在1号岛火焰山地下区域，地面属性使其防御出众，捕捉时建议准备高级精灵球。洛奇亚分布于第八座彩虹岛右下方海域，同时具备超能系与飞行系特性，岩石系招式可有效削弱其战斗力。凤凰则位于同一岛屿左上方，火系与飞行系组合使其惧怕水系攻击。
双子岛区域还栖息着冰神柱，需在滑冰场完成特定滑行轨迹触发出现。幽灵塔顶层的吉拉奇需要通过层层机关考验，其妖精属性在后期对战中表现突出。三圣兽中雷公、炎帝、水君分别对应不同初始宝可梦选择，在击败四大天王后随机出现于关东地区草丛，等级均为50级且具备专属技能。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图游戏后现身，其多种形态变化带来丰富战术选择。
部分神兽需满足特殊条件才能遭遇，如获得船票后前往外岛探索，或持有特定道具触发事件。无人发电厂除闪电鸟外还可能遇到钢神柱，而海皇牙则需在双子岛使用钓竿垂钓。红水督与蓝水督出没于7号岛最下方海域，双水属性组合使其弱点集中于电系与草系。雪拉比藏身于3号岛左侧森林，其穿越时空的设定在剧情中具有特殊地位。
捕捉神兽前需做好充分准备，包括提升宝可梦等级、携带足够高级精灵球和状态恢复道具。属性克制关系直接影响战斗效率，例如对抗火焰鸟优先选择水系招式，而对付闪电鸟则需防范其电磁波麻痹效果。部分神兽如急冻鸟会使用恢复类技能，建议携带具备束缚效果的宝可梦应对。黄金喷雾剂可提升遭遇概率，但某些神兽如三圣兽仍需要耐心反复搜索才能相遇。
